Dejiny civilnej ochrany (CO) siahajú do obdobia 1. svetovej vojny. V nej bolo nasadené do boja prvýkrát letectvo a chemické zbrane. V roku 1935 bola založená Civilná protiletecká ochrana zákonom č. 83/1935 Zb. CO sa rozvíjala v priebehu 2. svetovej vojny, kde sa aj osvedčila a preukázala svoju opodstatnenosť. Po vojne došlo k jej zániku. Medzinárodná situácia na prelome roku 1950 (vojna v Kórei) sa vyostrovala. To vyvolalo potrebu urýchlenej výstavby CO. Predložený návrh vláde Československej republiky (ČSR) „Nariadenie o základných úlohách a povinnostiach civilnej ochrany na území Československej republiky“ bol schválený vládnym uznesením 13. júla 1951. Tento deň bol u nás považovaný za vznik CO. Zameranie ochrany bolo miestne, orientované proti konvenčným zbraniam. Ministerstvo vnútra (MV) spolu s ostatnými ministerstvami a ústrednými orgánmi následne rozvíjali CO. Zvýšené nároky na rozvoj CO kládli vojenské koalície (NATO a Varšavská zmluva). To vyústilo do novej koncepcie zakotvenej v „Uznesení vlády o civilnej obrane Československej republiky“ č. 49/1958 Zb. Civilná ochrana sa stala organizovanou činnosťou na zabezpečenie obrany a ochrany obyvateľstva pred nepriateľskými vzdušnými útokmi. Postupne sa sústreďovala na plošné riešenie ochrany proti konvenčným zbraniam, s dôrazom na zbrane hromadného ničenia.
V roku 1976 si rozvoj vojenstva a potreba integrovaného riešenia úloh vyžiadali prevod CO z pôsobnosti MV do podriadenosti Ministerstva národnej obrany ČSSR. Na základe zásad riadenia obrany Československej socialistickej republiky a za účelom zdokonalenia CO bola 19.12.1982 na 33. schôdzi Rady obrany štátu schválená „Smernica o civilnej obrane ČSSR“ č. 020126/1-ROŠ-1982. Touto smernicou sa zrušilo vládne uznesenie číslo 49/1958 Zb. a upevnila sa vojenská časť CO.
V roku 1986 po černobyľskej havárii (26.4.1986) nastal výrazný zlom, odkedy sa začína CO orientovať hlavne na opatrenia súvisiace s ochranou zdravia a životov obyvateľov pri vzniku priemyselných havárií.
Po parlamentných voľbách 1992 v Bratislave prešla podľa vyhlásenia vlády CO z federálnej kompetencie do pôsobnosti republiky a zároveň do podriadenosti MV Slovenskej republiky, ktoré je ústredným orgánom štátnej správy pre CO.
Od 1.1.1993 zaniká názov Štáb CO okresu a nahradzuje ho názov Referát CO okresu, zaniká Krajský Štáb CO. Nahradzuje ho oddelenie organizačno-ekonomického zabezpečenia Sekcie civilnej ochrany MV SR a stáva sa riadiacou zložkou okresov. Od 1.10.1993 sa ruší vojenská časť CO, rušia sa tabuľkové miesta pre vojakov z povolania. Na ich miesta nastupujú občiansky pracovníci - špecialisti.
Prelom v CO SR nastáva dňom 27.1.1994, kedy NRSR schvaľuje „Zákon o civilnej ochrane obyvateľstva č. 42/1994 Z. z. Zákonom NR SR č. 222/1996 Z. z. o organizácii miestnej štátnej správy sa zriaďujú krajské úrady a okresné úrady. V súlade s týmto zákonom okresné úrady vykonávajú štátnu správu na úseku CO obyvateľstva.